La fondation du monastère remonterait au milieu du Xe siècle par l'évêque de Sisteron, Jean III, sur des terres appartenant à sa famille. Vers 960-965, ce dernier en aurait fait don à l'abbaye de Cluny. Ganagobie joue dès lors pour l'ordre clunisien en pleine expansion le rôle de tête de pont pour les fondations de prieurés en Provence. Au XIIe siècle, le monastère connaît une grande période de prospérité dont la mosaïque du chœur (vers 1126) de l'abbatiale est un signe, tout comme d'autres travaux d'agrandissements et d'embellissements. L'abbatiale prend alors son aspect actuel. Aux XIIe et XIIIe siècle, le monastère bénéficie également du soutien des comtes de Forcalquier qui en sont d'important bienfaiteurs.
Le déclin de l'abbaye est lié à l'établissement de la commende au milieu du XIVe siècle. Elle est désormais soustraite aux visites régulières de Cluny, l'observance s'effrite, les revenus se réduisent, tout comme la communauté, les bâtiments sont également moins bien entretenus. Entre 1502 et 1550 cependant, un abbé commendataire, Pierre (ou Ponce selon les sources) de Glandèves restaure et agrandit le prieuré. Les Guerres de Religion provoquent l'incendie de la bibliothèque et le pillage du monastère après le départ contraint de la communauté. En 1572 un nouveau prieur est installé et le 17e siècle voit une certaine forme de renouveau de la vie monastique grâce aux prieurs Jacques et Pierre Gaffarel. La dissolution de l'ordre clunisien en 1787, et, plus généralement, la Révolution ruinent le monastère qui est saisi comme tous les biens du clergé et, en 1791, les bâtiments et les terres sont vendus comme biens nationaux. En 1794, monastère considéré comme un "asile assuré aux ennemis de la chose public est en partie incendié et détruit sur ordre du directoire du district de Forcalquier : le choeur et le transept s'effondrent ainsi que clocher une partie du cloître. La volonté des habitants sauve la nef.
En 1883, le comte de Malijaë acquiert le monastère et, en 1891, il le cède à la communauté bénédictine de Marseille, sous le titre de Sainte-Marie-Madeleine, refondée par Dom Guéranger en 1865. Le monastère connait alors une première renaissance entre 1891 et 1903. L'architecte Revoil intervient notamment dans la reconstruction du cloître et du réfectoire. Le cloître se trouve au sud de la nef. Les galeries nord et est comportent encore les chapiteaux du XIIe siècle, en revanche ceux des galeries ouest et sud, qui se sont effondrées à la Révolution, sont des restitutions réalisées entre 1898 et 1903.
Cependant la loi de 1901 sur les associations contraint les religieux à s'exiler en Italie du nord. Ils sont de retour, à l'abbaye de Hautecombe en Savoie en 1922 et, à partir de 1941, assurent une présence de quelques moines à Ganagobie. En 1946, l'ensemble du monastère est classé au titre des Monuments historiques. En 1953, l'ouverture d'une route bitumée facilite l'accès au monastère et permet d'envisager des travaux d'ampleur. En 1955, l'architecte en chef des Monuments historiques, Jean Sonnier, propose la reconstruction du chevet car la majorité des matériaux est encore présente sur site. L'isolement géographique du monastère a en effet permis la préservation des matériaux mais aussi des sculptures sur site. La reconstruction du chevet et du transept est exécutée entre 1957 et 1974. Entre 1974 et 1994, des fouilles archéologiques sont entreprises sur le site ; les mosaïques sont déposées et restaurées. Elles sont remises en place en 1986.
En 1987, les bénédictins de Hautecombe décident de quitter Hautecombe pour s'établir à Ganagobie. Des travaux de restitutions des bâtiments monastiques mais aussi d'agrandissements s'engagent alors afin d'accueillir l'ensemble de la communauté qui arrive en 1992. L'abbatiale est à nouveau consacrée, le 10 mai 1994, par Mgr Georges Pontier, évêque de Digne.
Conservateur en chef du patrimoine en poste au Service régional de l'Inventaire à la DRAC de Poitiers de 2002 à 2005, puis au Service de l'Inventaire de la DRAC d'Aix-en-Provence. En poste au Service de l'Inventaire et du patrimoine, région Provence-Alpes-Côte d'azur depuis 2008.