La rade de Villefranche offre un abri naturel pour les navires entre le cap de Nice et le cap Ferrat. Elle s’étire sur 2,5 km pour 1,5 km de large et débouche rapidement sur d'importants fonds marins.

Le site de mouillage est fréquentée dès l'Antiquité, mais le développement du port est étroitement associé à la charte adoptée en 1295 par Charles II d'Anjou, comte de Provence, qui favorise l'établissement d'un habitat permanent à proximité du port d'Olive qui borde la frontière de son territoire. Le port aménagé à proximité de la ville à partir du 14e siècle correspond au site du port de la Santé (référence IA06002590). La tour Isoletta, intégrée aujourd'hui au bâtiment de la la gare maritime (référence IA06001554) est un vestige des défenses du site portuaire. En 1388, le comté de Nice est rattaché au duché de Savoie, dont Villefranche devient le seul débouché maritime. Le duc Emmanuel-Philibert de Savoie entreprend sa fortification à partir de 1553. Deux ouvrages défensifs sont construits à l'extérieur de la ville : la Citadelle dite forteresse Saint-Elme (référence IA06000019) et le fort du Mont-Alban, auxquels on associe vers 1558 un nouveau bassin de port à vocation militaire : la Darse (référence IA06002587) accueille une flotte de galères, elle comprend un môle extérieur (référence IA06002588), un bassin de radoub (référence IA06002593), un lazaret, une forge, une corderie, un hôpital des galériens, des magasins et casernes. Entre 1720 et 1737, le môle est reconstruit et associé à une batterie. Villefranche tient lieu de port de transit pour Nice qui ne dispose pas de port avant 1750. Les vestiges du quai des caboteurs (référence IA06002777) au sud-ouest du port de la Darse correspondent à l'ancien débarcadère qui assurait la liaison avec Nice. Le rattachement du Comté de Nice à la France, entre 1792 et 1814, diminue l'importance stratégique du port, un arsenal des frégates (référence IA06002776) est cependant construit. En 1815, Villefranche est rattachée au royaume de Piémont-Sardaigne qui dispose désormais des ports de Gênes et de La Spezia sur la côte Ligure. En 1856, à l'issue de la guerre de Crimée, le royaume accorde à la marine impériale russe des facilités d'escale. Villefranche devient la base navale de la marine impériale russe en Méditerranée, plusieurs bâtiments (bagne, ancien hôpital des galériens, vieille forge) sont affectés au dépôt de charbon. Ces dispositions sont confirmées après le rattachement du Comté de Nice à la France en 1860. En 1893, une station de recherches océanographiques russe est installée à l'hôpital des galériens jusque dans les années 1930. A partir de 1931, elle accueille un laboratoire français. L'observatoire océanologique de Villefranche-sur-Mer occupe plusieurs sites autour de la darse dont la corderie (référence IA06002774) et la vieille forge (référence IA06002595). Dans le cadre de l’organisation du traité de l'Atlantique Nord effectif entre 1945 et 1966, la rade de Villefranche devient port d'attache du navire amiral de la sixième flotte des États-Unis.

Le projet d'établir un port commercial en fond de rade est abandonné en 1913. Le port de la Santé abrite des activités de pêche mais aussi le principal port d’escale de croisières pour la France, avec 400 000 passagers par an.

Le quai du palais de la marine (référence IA06002778) permettait aux pêcheurs d'étendre leurs filets. Il est situé à proximité de la chapelle Saint-Pierre, dite chapelle Cocteau (référence IA06001032) qui appartient à la prud'homie. La chapelle de la Madone Noire (référence IA06002779), sur les hauteurs de la rade est un lieu de pèlerinage pour les pêcheurs.

Pour la commune de Villefranche, les archives concernant la période antérieure au rattachement de 1860, sont conservées à Turin.

Principaux aménagements portuaires repérés :

- port de la Santé (IA06002590)

- port de la Darse (IA06002587)

Défense portuaire :

Les principaux éléments d'architecture militaire sont étudiés dans le cadre de l'étude sur l'architecture militaire des Alpes-Maritimes (IA06000008). Voir aussi :

- Citadelle de Villefranche, dite citadelle Saint-Elme de la place forte de Nice (IA06000019)

Équipements de transition terre/mer :

- Quai des caboteurs (IA06002777)

Bâtiments lié à l'activité portuaire :

- Bureau de douane actuellement établissement portuaire dit gare maritime (IA06001554)

- Palais de la Marine (IA06002778)

Etablissement de santé :

- Lazaret (IA06002775)

- Hôpital des galériens (IA06002597)

Protection du littoral :

- Jetée, dite môle du port de la Darse (IA06002588)

Activité artisanale et industrielle :

- Bassin de radoub, ancienne forme des galères (IA06002593)

- Vieille forge et ateliers (IA06002595)

- Entrepôt, dit les voûtes de la Darse ; jardin Beaudouin (IA06002598)

- Corderie (IA06002774)

- Arsenal des frégates (IA06002776)

Croyance des gens de mer :

- Chapelle Saint-Pierre, dite chapelle Cocteau (IA06001032)

- Chapelle de la Madone Noire (IA06002779)