Du sanctuaire primitif, aménagé à la suite de l'achèvement de la construction de la cathédrale en 1630, il ne reste sans doute pas grand-chose à l’exception notable de la cathèdre et des stalles.

Le chœur tel qu’on peut le voir aujourd’hui est le résultat du réaménagement voulu par monseigneur Hachette des Portes en 1773 et mis en œuvre par Jean-Baptiste Nolliny. Une convention datée du 7 janvier, lie en effet Jean-Baptiste Nolliny, architecte italien résidant à Entrevaux, et monseigneur Henri Hachette des Portes. La convention stipule que Nolliny est chargé d'effectuer des réparations et des ouvrages pour le choeur et le sanctuaire de la cathédrale, conformément aux plans et devis.

En 1863, à l'instigation de monseigneur Meirieu, l'ensemble du décor peint est repris : celle du retable mais aussi de la voûte du choeur et de l'arc diaphragme. Il a sans doute également fait poser les deux armoiries sur les murs nord et sud. il a probablement fait réaliser enfin les toiles en trompe-l'oeil habillant actuellement des deux fausses baies côté nord du choeur ; il est à noter que la baie au sud-est était occultée par une tenture similaire, aujourd'hui disparue, visible et en mauvais état sur une carte postale de 1950, peut-être la seconde baie sud du choeur l'était également.