L’iconographie a plusieurs niveaux de lecture. Il s’agit tout d’abord de commémorer le sacrifice du Christ, l’Eucharistie étant célébrée sur l’autel : ainsi la porte du tabernacle, aujourd’hui disparue, était ornée d’un pélican mystique et surmontée d’épis de blé, tandis que le devant d’autel accueille l’Agneau couché sur le Livre aux sept sceaux de l’Apocalypse. Agneau qui accompagne aussi saint Jean Baptiste, le saint titulaire de l’autel : on le retrouve au moment du baptême du Christ sur le tableau d’autel mais également dans la figuration de son martyre sur la gloire au sommet du retable, avec la représentation de sa tête coupée sur le plat présenté à Salomé. Sur le deuxième gradin d’autel, ont été sculptés les évangélistes aisément reconnaissables par le Tétramorphe selon un choix fort peu usuel. Les deux chutes de trophées liturgiques rappellent expressément ceux sculptés sur les vantaux de la porte d’entrée, celui de gauche figurant la dignité pontificale, celui de droite la dignité épiscopale. L’ornementation, à l’instar de celle de la porte d’entrée, comprend nombre de motifs rocaille. L’expression d’un baroque tardif se retrouve également dans la conception de l’exposition qui surmonte le tabernacle : l’ostensoir, lorsqu’il y est placé, semble être sous un dais, dont les pans ne sont pas sans rappeler les rideaux d’un théâtre. Sur le couronnement, cinq anges musiciens en ronde-bosse animent l’ensemble, à l’image du retable de l’autel majeur.

La dorure originelle a été remplacée par une peinture dorée.