Le creusement d'un port à Nice est projeté depuis le 16e siècle. Un premier projet prévoit de creuser l'anse des Ponchettes et de la protéger par un môle. C'est sur cette plage qu'étaient débarquées les marchandises.

En 1749, un collège d'experts réunis par Charles-Emmanuel III retient le site marécageux de l'anse du Lympia, à l'Est de la colline du château. L'ingénieur militaire Antonio De Vincenti établit le plan d'un port artificiel, creusé dans la lagune, qui communique avec la mer par un chenal. Comprenant deux bassins, un arsenal, des quais, le port est bordé d'un quartier à créer de toute pièce. La construction débute en 1750 par l'immersion de la première caisse du môle extérieur. Le 22 novembre 1752, le port Lympia est mis en service, un premier bassin protégé par sa digue remplace le mouillage des Ponchettes. L'arsenal est complété par un bagne dès 1750 et un bâtiment des Douanes vers 1760. L'ingénieur Antonio de Vincenti et l'architecte Giovanni-Battista Borra dessinent dès 1761 un projet d'extension du port.

Le chantier est interrompu en 1792 par l'occupation des troupes françaises. De 1792 à 1860, les travaux sont repris par intermittence. Le bassin est prolongé dans la plaine, la digue extérieure d'une jetée intérieure est doublée, le môle est prolongé jusqu'à 110 m de long. La statue du roi Charles-Félix est érigée en 1826 à l'entrée du port. La caserne Lympia est aménagée en 1840.

En 1860, le rattachement de Nice à la France confirme la volonté de développement économique. Une première liaison régulière du port de Nice avec la Corse est créée. De nouveaux travaux de creusement du bassin sont engagés en 1889. Dès 1897, la chambre de commerce de Nice, en charge du port, procède à la transformation complète du bassin de carénage, qui devient le bassin des Amiraux, et à la création d'un avant-port. A partir de 1904, les quais Ribotti et du Commerce sont construits et la traverse du Commerce est aménagée, délimitant le bassin du Commerce pour les navires de gros tonnage. Les nouveaux quais désignent des figures de l'histoire niçoises : Papacino, Lunel, Cassini, Infernet, Entrecasteaux et Riboty. Les liaisons maritimes en méditerranée au départ de Nice se développent après 1918. Après la seconde guerre mondiale et les destructions causées par les bombardements, l'activité portuaire reprend. La remise en état du quai et de la traverse du Commerce est achevée en 1948, et celle du quai Infernet, fortement touché, au début de 1951. Entre 1952 et 1956 le quai du commerce est allongé et le môle Riboty est reconstruit. En 1966, une nouvelle gare maritime est construite sur le terre-plein du Commerce. En 1968, deux digues sont construites pour assurer la protection du plan d'eau de la Tour Rouge. En 1975, le port de Nice arrive à saturation. Le transfert du port de commerce au sud de la ville est considéré comme nécessaire par les responsables politiques et économiques du département. Conjointement au chantier de l'aéroport, les travaux du port de commerce sont lancés en 1978. Le 16 octobre 1979, les intempéries provoquent un raz de marée qui dévaste le littoral et ravage le futur port de commerce avec engloutissement de la digue. Le projet est donc abandonné et le port de commerce reste au port de Nice qui est réaménagé. En 1980, la traverse du Commerce est rescindée pour la repositionner perpendiculairement au quai du Commerce. L'agrandissement du bassin du Commerce s'est fait au détriment du bassin de la Tour Rouge dont la capacité est désormais réduite, mais la plaisance bénéficie de nouveaux emplacements avec cinq appontements flottants qui remplacent l'ancien ponton du yacht club dans le bassin Lympia, désormais réservé à la plaisance. L'ancienne gare maritime du quai Papacino, construite en 1955, n'a plus d'utilité, elle est démolie en 1983. En 1996, un quai de débarquement est aménagé sur le quai Riboty pour les NGV (navire à grande vitesse) faisant liaison avec la Corse. Dès 1997, le développement des croisières conforte la vocation du port de Nice à accueillir du transport de passagers. Au début du 21e siècle le port de Nice est à la fois port de plaisance, port de croisière, port cimentier et gare maritime pour les liaisons avec la Corse.