Les troubles civils survenus à Marseille pendant la minorité de Louis XIV dans la décennie 1650, révélateurs d'une insoumission des consuls locaux, aboutirent à une reprise en main du contrôle stratégique de la ville et du port par le pouvoir central, représentée par Mazarin.
Fin novembre 1659, le duc de Mercœur, gouverneur de Provence, écrivait à Mazarin que la création d'une citadelle à Marseille était la meilleure voie pour y assurer l'autorité du Roi. Louis XIV donnait le 19 janvier 1660, des instructions formelles pour la construction d'un fort, la conception et le choix de l'emplacement de ce fort ou citadelle, étant confié à l'ingénieur militaire Louis-Nicolas de Clerville, alors promu commissaire général des fortifications. Clerville donna des plans pour la citadelle Saint-Nicolas, implantée sur une butte dominant au sud la passe d'entrée du port, et les travaux commencèrent dès février 1660. Le principe de renforcer la sécurité de l'entrée du port aussi du côté nord par un réduit défensif retranché, implanté à la pointe nord-ouest de la ville close médiévale semble avoir été envisagé aussi dès 1660. Toutefois cette implantation comportait des contraintes peu favorables à une exécution rapide de ce réduit. Le site du futur fort Saint-Jean, était inclus dans le mur de ville, ponctué de deux grandes tours préexistantes, la tour Saint-Jean bâtie en 1447-1452 au droit de la chaine barrant l'entrée du port, à l'initiative du prince Valois René d'Anjou, comte de Provence, et la tour du Fanal, bâtie face au large de 1644 à 1646 sous l'autorité de la ville. L'intégration de ces deux tours dans un fort royal n'était pas sans intérêt stratégique, mais la contrainte principale tenait à la présence sur le site d'une importante commanderie de l'ordre des hospitaliers de Saint Jean de Jérusalem, contigüe à la tour Saint-Jean. Les bâtiments et la chapelle de cette commanderie avaient été en partie reconstruits luxueusement dans la décennie 1640 à l'initiative de Paul Albert de Forbin, commandeur de Saint Jean de Marseille, ambassadeur et grand prieur de l'ordre, personnage influent, également ancien lieutenant général des galères du royaume. La construction d'un réduit retranché vers la ville incluant les bâtiments de la commanderie impliquait leur expropriation, la désacralisation de la chapelle sa démolition partielle, ce qui n'était guère concevable avant la mort du commandeur, survenue en 1661. D'autres expropriations, dès lors négociées par rachat, étaient nécessaires pour fait place au fort Saint Jean, touchant des maisons du quartier de la Tourrette, aux abords de l'église Saint Laurent.
Un premier projet de fort fut dessiné sommairement dès 1661 par Clerville, avec un front de terre à un bastion central et deux demi-bastions d'angle. Toutefois la concentration des financements royaux sur la construction de la citadelle Saint Nicolas ne permit pas d'amorcer avant 1668 celle du fort Saint Jean, pourtant programmée par Colbert en 1665, mais différée aussi du fait de la priorité alors accordée à l'agrandissement de l'enceinte de la ville par l'intendant des fortifications de Provence Nicolas Arnoul. Le chantier lancé en 1668 se fit sur la base d'un nouveau projet probablement dû à l'ingénieur Jean-Louis du Cayron, alors lieutenant et major de la citadelle de Marseille. Dans ce projet réalisé, le front de terre comporte deux grands demi-bastions d'angle encadrant une courtine avec porte centrale précédée d'une demi-lune et d'un chemin couvert sur la contrescarpe du fossé.
En 1671, ce front de terre était achevé, et la moitié est de la chapelle de la commanderie avait été ensevelie dans le rempart du demi-bastion sud-est. La bipartition du fort est dès lors fixée entre partie basse, densément bâtie, soit l'ancienne commanderie, occupant le tiers sud-est de l'aire intérieure, ayant sa porte particulière dite Saint Jean ou porte de secours, face au quai nord du port, et la partie haute, trois fois plus ample, nivelée pour aménager la place d'armes. Un seul nouveau bâtiment militaire, à usage de caserne, avait été construit dans l'année en surplomb des bâtiments de la commanderie, à la transition avec la place d'armes projetée, a proximité d'un moulin à vent préexistant. La tour du fanal était utilisée comme magasins. Le front nord de l'enceinte, remplaçant le mur de ville médiéval et comportant un redan, était réalisé mais inachevé, et le front ouest restait à reconstruire avec une terrasse arrondie enveloppant le soubassement de la tour du fanal. Les dehors du front de terre restaient à l'état de projet, plusieurs maisons étant encore à démolir pour leur faire place.
Ces parties du fort étaient réalisées pour l'essentiel, ainsi que les parapets d'artillerie, en mars 1679, lorsque Vauban, nouveau commissaire général des fortifications, passa à Marseille pour juger des améliorations à apporter aux fortifications royales conçues par son prédécesseur Clerville. Il ordonna la construction d'une fausse braie bordant le pied des fronts de mer, de la tour Saint Jean (déjà enveloppée d'une chemise côté port) au redan du front nord, et d'une traverse à mi-longueur du front ouest / sud-ouest. Ces améliorations furent réalisées à la suite sous la direction de du Cayron et d'Antoine Niquet, directeur des fortifications de Provence. La fausse braie ne fut achevée qu'après 1684, date à laquelle quatre nouveaux bâtiments de casernement avaient été construits de part et d'autre de la place d'armes dont trois contigus et parallèles à l'arrière de celui construit en 1671, l'un d'eux incorporant le moulin à vent, un autre servant de pavillon d'officiers. Le quatrième était un long casernement le long du rempart du front nord. Le fossé du front de terre était occupé en 1684 par un jardin d'agrément avec bassins sans doute créé à l'initiative du gouverneur royal de la place de Marseille Henri de Beringhen, qui résidait au fort Saint Jean dans l'ancien logis du commandeur de préférence à la citadelle.
De nouvelles améliorations préconisées par Vauban en 1701 ne furent pas suivies d'exécution. Au milieu du XVIIIe siècle, le jardin dans le fossé avait été supprimé, mais un autre jardin, beaucoup plus petit, était en place à l'intérieur du fort sur une terrasse au dessus de l'aile voûtée médiévale nord de l'ancienne commanderie, au pied de la galerie-portique du bâtiment de 1671. Ce jardin était à l'usage du commandant du fort, logé dans l'aile principale sud, donnant sur l'entrée du port (anciennement logis du commandeur, puis du gouverneur). Le major était logé dans l'extrémité de cette aile attenante à la tour Saint Jean, et au second étage de cette tour, le bâtiment à galerie-portique de 1671 étant en partie affecté au logement de l'aide-major. La place d'armes disposait d'une fontaine adossée au rempart Est, alimentant une citerne sous le rempart ouest.
En 1779, l'extrémité ouest en abside de l'ancienne chapelle, engagée dans l'aile Est de la cour principale des bâtiments de l'ancienne commanderie, conservait une fonction de chapelle, desservie par un aumônier logé dans cette aile, le reste de l'ancienne nef étant affecté au logement du garde de l'artillerie. A cette époque, la demi-lune du front de terre n'avait plus son pont d'accès, tombé en ruines, comme celui de la porte Royale, dont ne restaient plus que les piles, l'accès principal du fort étant désaffecté et privé d'entretien depuis plusieurs années au profit de la porte de secours, devenu entrée unique.
L'impact destructeur de la Révolution française sur la citadelle Saint Nicolas, en partie démantelée par les marseillais de mai à juillet 1790, ne s'étendit au fort Saint-Jean que pour les parapets d'artillerie du front de terre. Son rétablissement et celui de la porte royale et des dehors fut projeté dès 1802, à nouveau proposé en 1816, mais rien n'était fait en 1821, date a laquelle le moulin à vent, ruiné, fut rasé.
Entre 1828 et 1830, les projets du fort Saint Jean sont concentrés sur le défilement du front de terre, "le seul attaquable", par reconstruction de son parapet d'artillerie en terre, ce qui fut réalisé en 1832. Il n'était plus question de rétablir les dehors, demi-lune et chemin couvert, et la porte royale, qui furent définitivement condamnés en 1845, du fait de la réalisation, à l'emplacement du fossé -sur creusé à cet effet de plus de 15m- du canal Saint-Jean, conçu pour assurer une liaison par voie d'eau entre le vieux port et le nouveau bassin de la Joliette. Ce canal, doublé d'une voie de communication de quai à quai, entraina la démolition de la contrescarpe du fossé et de la demi-lune, l'ancienne porte royale étant murée et effacée du revêtement de la courtine. En 1847, l'avancée de la porte unique du fort, ex porte de secours, fut adaptée pour faire place à une passerelle mobile tournante s'ouvrant à chaque passage de vaisseaux.
Les années 1861 à 1866 furent consacrées à d'importants travaux de réparations au fort Saint-Jean. La façade extérieure donnant sur l'entrée du port du bâtiment sud, ancien logement du commandant et du major, fut reconstruite à neuf en 1862 avec 11 travées régulières de fenêtres et créneaux sur trois niveaux. Ce bâtiment avait été réaffecté pour l'essentiel dès les années 1810 au logement de troupes, la partie antérieurement à l'usage du major, dont deux étages de la tour Saint Jean étant dévolue à celui du commandant du fort. L'aile sud mitoyenne et ce qui restait de l'ancienne chapelle, dont l'ancienne nef surhaussée de deux étages, servaient de prison, de logement d'un capitaine, d'un lieutenant de deux sous-officiers et du garde de l'artillerie. Une batterie de côte, projetée sur les banquettes d'artillerie des fronts nord et ouest du fort depuis 1846 fut réalisée en 1862 sur le rempart ouest et dans le redan nord. Ce dernier emplacement de batterie entraina la réduction en longueur de la grande caserne nord, amélioré en 1816 et en 1820, dont la moitié ouest fut sacrifiée. Parallèlement, les parapets du front ouest furent réorganisés, nivelés à l'horizontale, en supprimant les embrasures du XVIIe siècle.
La caserne nord réduite en 1862 fut démolie en 1906 et remplacée en 1908 par une nouvelle caserne, beaucoup plus ample, vouée à la rétention des militaires isolés, construite à un autre emplacement, soit celui de la batterie de côte du front ouest. Le canal Saint-Jean, devenu inadapté à l'évolution du port et au passage des vaisseaux de fort tonnage fut comblé en 1938-1939. La voie terrestre s'en trouva élargie du double, et ces travaux furent complétés par la création d'une esplanade sur remblai à l'usage du port, lié à une grande jetée au-devant du front nord du fort, dont le pied des escarpes n'était plus inondé.
Lors de la bataille de Marseille en aout 1944, un dépôt de munition allemand dans la partie basse du fort explosa, provoquant l'écroulement de la moitié du bâtiment sud-ouest joignant la tour Saint Jean, la ruine complète de l'aile médiévale voûtée qui portait le jardin en terrasse, et celle de l'aile transversale reliant ces deux bâtiments, cette destruction décloisonnant les deux cours. Au niveau de l'ancienne place d'armes, la caserne ouest de 1908-1909 fut épargnée, gardant son toit, à la différence des anciennes casernes sud (E-F), dont celle de 1671 dont les couvertures furent détruites par des bombardements.
En 1957, un accord des militaires avec l'administration municipale occupée à la reconstruction de la ville sinistrée, condamna à la démolition l'avant-porte du fort remaniée en 1847, et l'ancienne chemise voûtée qui enveloppait au sud la base la tour Saint-Jean, afin d'ouvrir une promenade continue au pied des murs reliant le quai du vieux port à l'ancienne fausse braie ouest. En 1960 le ministère des armées cédait le fort à celui des affaires culturelles, qui le fit classer Monument Historique par arrêté du 16 juin 1964. Les premiers travaux de restauration et réhabilitation furent conduits de 1968 à 1975 par l'architecte en chef Jean Sonnier. Le principal programme alors mis en œuvre consista à approprier les restes du bâtiment sud donnant sur l'avant-port, complété en structure béton (1971), à l'usage du Département des Recherches Archéologiques subaquatiques et sous-marines. De nouveaux travaux de restauration furent projetés et en partie réalisés entre 1983 et 1994 par l'architecte en chef Jean-Pierre Dufoix, notamment sur le bâtiment à galerie-portique de 1671, mais les autres bâtiments fin XVIIe siècle de la place d'armes restèrent en ruines jusqu'en 2010. Leur réhabilitation fut intégrée au programme du Musée des Civilisations de l'Europe et de la Méditerrannée (MUCEM) qui installa une partie de ses locaux dans le fort Saint-Jean. La maitrise d'œuvre fut partagée entre l'architecte du MUCEM depuis 2006, Rudy Ricciotti, pour les ouvrages contemporains, et l'architecte en chef des Monuments Historiques François Botton, pour les restaurations. Dans ce cadre, l'ancienne porte Royale fut repercée et équipée d'une passerelle aérienne en béton fibré la reliant aux abords de l'église Saint-Laurent. La construction du bâtiment principal de l'établissement, hors du fort, devant le front nord, sur l'esplanade dite môle ou jetée n° 4 permit de détruire en 2012 la partie de l'esplanade remblayée en 1939 pour remettre en eau le pied du front nord du fort.
Docteur en archéologie médiévale, historien de l'architecture et de la fortification, spécialiste de castellologie médiévale. Chargé de l'étude du patrimoine fortifié pour l'Inventaire général du patrimoine culturel de Provence-Alpes-Côte d'Azur de 2003 à 2026.