Ancien hameau isolé de pêcheurs, l'Estaque est un havre naturel abrité des vents qui servait d'abri marin ou lieu d'escale pour les pêcheurs de la région. Au moins depuis le 18e siècle, les pêcheurs exploitent une madrague, un filet de pêche fixe destiné a la capture des thons, mouillée au milieu de l'anse de l'Estaque. En 1859 la madrague est démontée en raison de la diminution des prises, l'activité de pêche décline. Vers 1890 un port abri est construit dans l'anse de l'Estaque. Fin du 19e siècle, plus de trente bateaux armaient à la sardine avec deux ou trois hommes à bord. Le port de l'Estaque est doté d'une Prud'homie de pêche qui comprend un atelier de teinture des filets de pêche (référence IA13000883). Le port de l'Estaque accueille aussi le poste de chargement des tuiles sur les tartanes pour relier le Vieux-Port (référence IA13005951). Au début du 20e siècle, le port de l'Estaque est directement impacté par les chantiers du port de commerce qui s'étend toujours plus vers le nord : le tunnel du Rove (référence IA13004086) qui relie les bassins de Marseille à l'étang de Berre, le canal littoral dont les digues barrent l'anse de l'Estaque. Au milieu du 20e siècle la construction des quais et jetées du port, l'avènement des bateaux à moteur fait disparaitre le mourre de pouar (la barquette marseillaise d'origine napolitaine) au profit d'embarcations plus légères. La disparition des sardines dans la baie contribue à déplacer l'activité de pêche vers le port de Saumaty à partir de 1976. Depuis l'ancien port de pêche de l'Estaque développe une activité de port de plaisance. Il ne subsiste plus que 3 ou 4 bateaux professionnels de pêche artisanale. Il reste aussi quelques dizaines de barquettes traditionnelles, utilisées aujourd'hui pour le loisir des plaisanciers. Les derniers travaux d'agrandissement datent de 2006 avec l'installation entre le port de plaisance et Saumaty du nouveau port privé Servaux.