Jusqu'au 19e siècle, le port de la cité d'Arles contrôle le passage de la navigation maritime et fluviale. Les contraintes de navigation du delta du Rhône imposent d'emprunter un chenal creusé par le courant dont la profondeur et l'emplacement sont variables. Le projet du canal Saint-Louis avec son bassin et son écluse voit le jour au début du 19e siècle. Le 9 mai 1863, Napoléon III signe le décret d'utilité publique du canal Saint-Louis. Hippolyte Peut est le principal promoteur du canal, considéré comme le véritable fondateur de Port-Saint-Louis. Le 15 août 1871, le canal est ouvert à la circulation. Il faut attendre 1881 pour que la disparition progressive de la fonction portuaire d'Arles incite la Compagnie Générale de Navigation à installer ses locaux à proximité de la tour Saint-Louis (référence IA13000621), et que le port devienne le principal point de rupture de charge entre la mer et la batellerie du Rhône. Sa fréquentation augmente alors fortement, attirant diverses entreprises, mais rien n'est fait pour accueillir la population ouvrière. Chacun construit alors sa cabane sur un terrain qui ne lui appartient pas. En 1892 la zone accueille ainsi 1800 habitants dont les conditions de travail, de vie et de logement sont particulièrement précaires et difficiles. L'activité portuaire se développe dans une situation administrative et foncière complexe. Dès 1902, la population crée le syndicat des ouvriers du port de Port Saint Louis. En 1904, la nouvelle commune de Port-Saint-Louis-du-Rhône est créée sur 6059 ha, tout en restant attachée au canton d'Arles-ouest. La ville se construit de 1904 aux années 1970. La fonction de centre est assurée par le bassin du port. La première moitié du 20e siècle voit ainsi le développement de Port-Saint-Louis-du-Rhône pris entre d’une part l’augmentation de la fréquentation de son port qui entraine l’arrivée massive d’industries et de nouveaux travailleurs, et de l’autre une municipalité qui tente tant bien que mal d’acquérir des terrains afin d’organiser la ville autour d’un plan d’aménagement cohérent. Les années 1960 marquent ensuite la désemprise industrielle. La commune devient propriétaire de parcelles suffisamment vastes pour pouvoir planifier son développement urbain. En 1966 le port jusqu'alors géré par la Chambre de Commerce et de l'Industrie d'Arles est intégré au Port Autonome de Marseille. A partir de 1967 le développement de la zone industrialo-portuaire de Fos entraine un déplacement de l’activité qui fait chuter celle de Port-Saint-Louis, dont le bassin central est progressivement désaffecté de son usage commercial pour devenir un port de plaisance en 1992.
Le port municipal de plaisance de Port-Saint-Louis-du-Rhône est relié au Golfe de Fos par le canal Saint-Louis (référence IA13004103) et au Grand Rhône via une écluse. Il dispose d’un plan d’eau de forme rectangulaire et de surface d’environ 38 000 m² et offre plus de 300 places. On compte 8 appontements flottants de 32 à 122 m de long, accessibles depuis les quais des Commandants Favier (à l’est) et de la Libération (au nord). Certains bateaux sont amarrés directement sur le quai de la Libération dont les pierres de couronnement en pierre de taille sont d'origine. Les quais sont pour la plupart pavés et des vestiges de chemin de roulement sont encore apparents en souvenir de l'activité industrielle passée. Les bornes d'amarrage et bollards en acier sont peints en bleu, comme le pont basculant (référence IA13004093). Le vaste plan d'eau est très peu aménagé par rapport à sa surface. La nouvelle capitainerie est située au nord, alors que l'ancienne capitainerie (établissement portuaire) (référence IA13004506) est située au sud du bassin portuaire. Le bureau de la douane (référence IA13000631) est également présent sur les quais du port Saint-Louis. Le port est équipé d'une cale de mise à l'eau.
