Le premier terminal à conteneurs de la zone de Fos est construit entre 1968 et 1970 en darse 1, au nord du quai minéralier. Le terminal à conteneurs est déplacé en 1973 sur le terrain créé en darse 2 avec un quai de 560 m de long. Entre 1973 et 1974 le terminal occupe 25 ha et est équipé de 3 portiques de 40 tonnes. Le quai à conteneurs est allongé à 850 m en 1977 et à 950 m en 1978. De nouveaux portiques viennent compléter l'outillage du quai en 1982. Entre 1985 et 1988 le terminal gagne encore 10 ha et le quai est prolongé en partie nord. En 1993 le quai est renforcé et des longrines sont créées pour accueillir des portiques post-panamax. Côté darse 3, un quai de 650 m de long, dit Brûle-Tabac, est construit en 1980-1981 et vient compléter le terminal conteneurs. Un hangar est également aménagé sur le quai en 1980. En 1999 la capacité du terminal doit être augmentée, ce projet se nomme Fos 2XL. Les travaux du terminal conteneurs commencent en 2007. La rive nord est élargie en 2009 pour faciliter les mouvements des très grosses unités. Le nouveau quai, long de 1100 m, entre en exploitation en 2012.