Une mention, en 1259, "ecclesia Sanctae Mariae de Anglis [...] cum terris, vineis, possesionibus et aliis omnibus pertinentiis", se trouve dans une bulle pontificale d'Alexandre IV, rapportée par le cartulaire de Lérins ; l'introduction du cartulaire traduit l'ensemble de ces termes par "prieuré". "Ecclesia de Angulis" est attestée dans le compte de décimes, vers 1300, et le compte de procurations, en 1376 (pouillés du diocèse de Senez). En 1458, à l'occasion d'un procès, les "dîmes du prieuré et de la paroisse d'Angles" sont confirmées comme possessions du prieur d'Angles et Vergons (les deux prieurés ayant été réunis en 1454).
Il est probable que, dès sa création ou quelques décennies plus tard, le prieuré d'Angles, dépendant de l'abbaye de Lérins, reçut la cure des âmes d'Angles. Nous considèrerons donc que l'église Notre-Dame est l'église paroissiale d'un prieuré-cure.
L'église médiévale a été remaniée en 1686, d'après une date inscrite sur un chapiteau de la première colonne, située près du chœur. L'extension a concerné le bas-côté nord qu'il serait également crédible de dater du 17e siècle. A la fin du 18e siècle, la paroisse, dédiée à Notre-Dame et à saint Honorat, est desservie par un seul curé toujours nommé par les religieux du Monastère de Lérins. L'église a bénéficié de travaux de restauration et d'assainissement en 1884 et en 1898. La plupart des décors peints semble dater de ces campagnes de restauration.
Récemment, lors de la dépose d'un triptyque pour restauration, le pan de mur sur lequel il s'inscrivait a livré une couche picturale antérieure aux précédentes, probablement du début du 19e siècle. La couverture et la façade ont été refaites.
Chercheur Inventaire Région Sud, à partir de février 2013.