L'anse Aubran est aménagée lors des travaux d’'approfondissement du chenal de Caronte, entre 1865 et 1874. Les travaux s'accompagnent du creusement d'une darse à Port-de-Bouc. Le bassin Aubran grâce à sa profondeur importante permet d'accueillir les bateaux de rivières et les navires de mer en transit. Il est surtout destiné aux chalutiers, aux tartanes de pêche, et aux caboteurs.

En 1881, la ligne de chemin de fer Miramas-Port-de-Bouc est créée. La gare du terminal est construite a proximité du bassin Aubran, elle et raccordée à la gare de Port-de-Bouc et développe des ramifications jusqu'à la pointe la Lèque. Cette voie ferrée permet le désenclavement de Port-de-Bouc et les transports de marchandises de la zone d'industries de l'Anse Aubran. Le quai des agglomérés, dit quai des agglos, doit sont nom à la fabrique d’'agglomérés de charbon installée au milieu du 19e siècle. A partir de 1899 ce quai et l’'ensemble des ateliers deviennent le chantier d’'armement des Chantiers et Ateliers de Provence (CAP), les navires construits et lancés depuis le chantier principal étaient remorqués jusqu’à ce quai pour être équipés et terminés. Après la fermeture des CAP en 1966 des activités de réparations navales sont maintenues avant que le site ne devienne une friche industrielle. La ville propose au Port Autonome de Marseille de gérer cette partie de l'anse Aubran, tandis que le bassin situé à l'est dans l'anse Aubran (référence IA13005927) est affecté aux pêcheurs depuis la fin des années 1980.