Sous l'Ancien Régime, le siège de la paroisse de l'Estaque est l'actuelle chapelle de la Nerthe, ecclesia de Nerta, située au centre du massif qui sépare l'Estaque de l'étang de Berre. En 1809, la paroisse est supprimée et rattachée à celle de Séon-Saint-Henry. Au milieu du 19e siècle, sous l'impulsion de Mgr de Mazenod, de nombreuses banlieues marseillaises se dotent d'églises. Un terrain est acheté en 1850 par l'évêché et l'édifice actuel, construit en 1851, est érigé en succursale de Saint-Henry en 1854, année de sa vente à la commune. En 1856, l'entrepreneur Marius Peyre construit la sacristie. Le clocher est érigé en 1863 sur des plans dessinés en 1859 par Sixte Rey, inspecteur des bâtiments communaux. Il est doté d'une cloche fondue à Marseille par l'atelier Toussaint Maurel.