Si l'on en croit la visite pastorale de 1708, il y a avait une première église paroissiale, à Moriez, au Moyen Age située "sur une éminence, à my coste de la montagne qui est à la droite en montant à Courchon, dont le sanctuaire reste encore auprès d'un cimetière où l'on n'a cessé d'ensevelir que depuis 60 ans". Puis "la nouvelle a été bâtie en bas depuis plus de deux siècles dans le village, et a toujours conservé le premier titre qui est de Sainte-Marie-Madeleine". Toutes les visites pastorales Ancien Régime placent en effet l'église paroissiale de Moriez sous la titulature de sainte Madeleine (Magdeleine). L'église aurait ainsi été érigée vers 1500.

En 1708, "l'édifice est bon dedans et dehors" et des travaux d'agrandissement de la nef, jugée trop exiguë, sont en cours : il faut "achever les deux chapelles commencées depuis plus de sept ans" ou encore la nef "sera élargie du côté de l'Evangile par deux chapelles commencées". C'est chose faite en 1718, où l'évêque écrit que "l'ancienne nef est augmentée par une petite" (actuel bas-côté nord). Selon les visites pastorales : en 1764, le sanctuaire est "dans un état de décence et la nef est aussi en fort bon état", le cimetière est également bien entretenu et clos de murs. En 1775, l'évêque exige quelques travaux : "l'intérieur de l'église sera réparé en certains endroits où le crépissage est endommagé. La fenêtre qui est tout près de la chaire sera agrandie, et on en ouvrira une autre au bas de l'église pour remédier à l'obscurité". Et en 1785, les travaux ont visiblement été réalisés : "la chapelle nous a paru refaite à neuf, d'un bon gout, bien décorée et pourvue de tout ce qui est nécessaire au service divin". L'église a, de plus, une deuxième fois été agrandie : la nef "a été très considérablement agrandie du côté de la porte". Ce prolongement de la nef, vers l'ouest, est visible de l'extérieur avec une rupture nette de l'appareil. L'évêque demande, toujours en 1785, la construction d'une évacuation des eaux pluviales pour éviter l'humidité au nord de l'église.

Des mentions de travaux de réfection, relatives au mauvais état de l'église, sont signalées tout au long du 19e siècle. En 1856, la porte d'entrée est déplacée au sud. Au cours de la deuxième moitié du 19e siècle, l'abside est ornée d'un décor peint toujours en place. Entre 1898 et 1899, des travaux de réparations sont entrepris à l'église par Paul Emile, entrepreneur de maçonnerie à Moriez. En 1892, la décision d'agrandir le cimetière est prise par le conseil municipal, les travaux sont achevés en 1899 et en 1903, le cimetière est béni. En 1933, les deux travées de la voûte en berceau plein-cintre sont refaites en brique creuse, sous la direction de l'architecte dignois Adolphe Philippon et de l'entrepreneur dignois M. Arniaud. L'horloge du clocher est réalisée et installée par Hilarion Boyer, horloger à Moriez, en 1841.