Aux 17e et 18e siècles l'île de Pomègues accueille les bateaux en quarantaine au port dit de quarantaine situé dans une anse du sud de l'île. Vers le milieu du 18e siècle des travaux de réparation y sont menés. Au début du 19e siècle, le port de Pomègues devenant trop petite pour abriter les bateaux en quarantaine, une digue est construite (dédiée au Duc de Berry) entre les îles de Pomègues et Ratonneau entre 1822 et 1824 par l'ingénieur Garella, pour créer le port Dieudonné (actuel Port du Frioul). En 1828, l'architecte Michel Robert Penchaud construit la chapelle de Port-Frioul et l'hôpital Caroline (référence IA13005963). Ouverte vers le port, la chapelle permet aux équipages mis en quarantaine dans le port Dieudonné de suivre l'office religieux sans quitter leur bord. La digue Berry transforme un mouillage forain en port véritable. La digue est renforcée à l'extérieur en 1984 par rechargement de blocs rocheux et l'intérieur de la digue est aménagé en 1975 par la construction des quais (puis réaménagés en 2013) en conservant les bornes d'amarrage cylindrique d'origine. Le parement des quais est en pierre de Cassis.

Après l'établissement du port de quarantaine, le projet d'une autre digue pour le protéger de la Largade (vent d'est) est autorisé par ordonnance royale en 1829. Oublié après la Révolution de Juillet, le projet voit le jour en 1845. La construction de la digue est est achevée en 1854, elle est réparée à plusieurs reprises (1901, 1927, 1937). Elle est dynamitée par les allemands à la fin de la seconde guerre mondiale, puis sera reconstruite et prolongée de 115 m vers 1975.

Dans les années 1850 le port auxiliaire du Frioul est agrandi. En 1904, l'armée édifie le sémaphore de Pomègues (référence IA13005964), qui veille sur la rade jusqu'en 2000. Le déminage de l'ile dure jusqu'en 1954. L'accès aux îles est interdit au public et seuls quelques militaires gardent le site et y gèrent les filets anti-sous-marins récupérés après la guerre pour laquelle la Marine construit en 1955 le grand hangar sur le quai de Pomègues. Dans les années 1970, les îles sont devenues militairement inutiles et la ville de Marseille rachète la zone portuaire en 1972 (et le reste des îles en 2000). Le maire Gaston Deferre décide de convertir le port à la plaisance et de construire un nouveau quartier pour la ville (1974-1978). Un service de navettes maritimes reliant le Vieux-Port est créé, la gare maritime a été réaménagée en 2011.