Le site du port de Saint-Cyr-les-Lecques est figuré comme port abri sur les cartes depuis le début du 16e siècle. Une estacade en planches sur piquets est signalée dès 1821, elle est remplacée par une jetée bâtie en pierre et ciment, désignée aujourd'hui comme môle central. En 1877, le port est protégé par une jetée courbe positionnée à l'ouest, reliée à la terre par une passerelle en bois. Une cale de halage est construite en 1911, une seconde cale est aménagée vers 1930. Un quai en maçonnerie et un muret protecteur sur la digue sont construits vers cette époque. Vers 1935-1938, des projets d'agrandissement du port sont à l'étude. En 1943, des tétraèdres en béton sont placés sur la plage par les forces d'occupation. En 1946 une entreprise récupère ces blocs pour renforcer a jetée et la prolonger. Entre 1951 et 1954, la contre-jetée dite petite jetée ferme le port au sud-est, puis la grande jetée ouest est prolongée vers l'est et un quai est construit au fond du port. Ces travaux sont achevés lorsqu'en 1954 un tempête détruit l'extension de la grande jetée. Les travaux de restauration se terminent en 1956. Un feu de signal d'entrée de port est installé sur une tourelle d'acier à l'extrémité de la jetée du grand large. Les deux appontements intérieurs sont construits en 1964. La première partie de la jetée ouest dit môle central est renforcée en 1974 lors de la construction du nouveau port (référence IA83001943). La jetée du grand large est encore allongée vers l'est en 1978 pour protéger le vieux port des entrées de houle de sud. Le feu rouge de signalisation d'entrée de port dit phare des Américains est alors déplacé à la nouvelle extrémité de la jetée . En 1991 des travaux sont réalisés sur les quais et en 2001 la passe est restructurée.