Au 15e siècle, l'aménagement d'une madrague, engin fixe de pêche littorale, est attestée dans la calanque de Gignac. Elle dépend des seigneurs du comté des Baux-de-Provence. Son activité s'étend de 1475 à 1903. La calanque de Gignac est jusqu'au début du 20e siècle un port abri pour les barques de pêcheurs, des cabanons permettent de stocker le matériel de pêche. Au début du 20e siècle, un bâtiment désigné comme la Thonnerie est figuré au cadastre, il a pu servir d'abri aux pêcheurs et au stockage du matériel de la madrague. En 1915, l'ouverture de la voie de chemin-de-fer entre Port-de-Bouc et Marseille désenclave ce secteur littoral. Des cabanons sont construits sur la côte bleue et dès 1923 des constructions s'établissent sur le rivage de la calanque. Les aménagements portuaires datent de l'entre deux guerres. La Société nautique de la Madrague de Gignac fait établir les premiers appontements en bois puis les quais. Les appontements en béton datent de 2010.