A la fin du 16e siècle, le port de la Seyne-sur-Mer est désigné comme le havre de La Sagno. Il comprend un petit et un grand môles où accostent des bâtiments marchands de faible tonnage et des barques de pêche. Au début du 17e siècle, le bassin portuaire est creusé et élargi afin d'accueillir de plus grands vaisseaux. Le grand môle est reconstruit en 1619. Pour les 17e et 18e siècles le port est qualifié de commercial, il associe le cabotage et les grands convois maritimes.

A partir du 17e siècle, les chantiers navals (référence IA83001976) se développent à l'extérieur du bassin portuaire. Jugée trop restreinte la darse est approfondie, les quais sont prolongés et les abords aménagés de maisons et d'entrepôts. Au cours du 17e siècle, le bassin portuaire est à nouveau creusé et agrandi pour accueillir des vaisseaux jaugeant jusqu'à 10 000 quintaux. En 1720, d'importants travaux sont engagés pour la construction de quais. Le port est de nouveau creusé entre 1785 et 1825. Une cale de halage est construite en 1840 pour les bateaux à vapeur. Les quais sont restaurés en 1856.

Le pont-levant dit pont des chantiers est commandé à la société Daydé en 1913, il entre en service en 1920, à l'entrée du port pour faciliter le transport des matériaux sur rails vers les chantiers navals à l'est sans traverser le centre-ville. Depuis 1986, le pont-levant reste en position ouverte. Emblème de la ville, il est inscrit à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques, sa restauration est achevée en 2009. Il est depuis doté d'un ascenseur qui permet d'atteindre le belvédère à 40 mètres de hauteur. Au premier étage sont exposés les moteurs du pont. A la fin de la seconde guerre mondiale le port de la Seyne est lourdement atteint par les bombardements alliés et les destructions allemandes. En 1948 les quais sont reconstruits et alignés dans la partie sud. Le quai nord est aligné en 1959. En 1967 un premier appontement est mis en place, remplacé en 1974 par deux grands appontements parallèles.