En 1612, les toulonnais décident d'utiliser sans autorisation un coin du littoral six-fournais au lieu dit Brégaillon, au nord de la Seyne, pour établir un quai qui doit servir au trafic de leur ville. Les consuls de Six-Fours réagissent vigoureusement contre cette usurpation de territoire et mettent en prison l'entrepreneur chargé des travaux par les toulonnais. Ils font transporter à Brégaillon les matériaux, extraits d'une carrière des environs de Balaguier, pour l'édification de nouveaux quais Seynois. Au 18e siècle, de grands projets concernent cette zone, comme la réalisation d'un grand port moderne entre l'extrémité du môle d'entrée de l'ancien port et l'usine des câbles sous-marins et la darse actuelle des câbliers. Mais ce projet est abandonné à cause des évènements révolutionnaires de 1789. La zone reste donc un terrain peu utilisé jusqu'au 20e siècle. Au début du 20e siècle le site est exploité pour la démolition et le renflouement des navires. Dans les années 1940 un premier môle est construit entre la darse des câbliers (référence) et le futur bassin Ifremer qui permet de délimiter les 2 darses. Les quais de la future darse de l'Ifremer ne sont pas encore construits mais la zone est un port abri pour de nombreuses barques et plusieurs estacades sont construites. Pendant la seconde guerre mondiale la zone abrite de nombreux navires de guerre et sera bombardée en 1944. Au début des années 1950 un terre-plein au nord préfigure la zone du port de commerce de Brégaillon et Brégaillon nord. Entre 1971 et 1974, le port de commerce La Seyne-Brégaillon prend forme avec la construction d'un quai de 215 m de long. Le port est inauguré en 1979. Au moment où les menaces de fermeture se précisent contre les chantiers navals, à l'opposé s'allongent les quais de l'ensemble portuaire du port de Toulon-Brégaillon. Dans cette zone de Brégaillon sud sont implantées des structures à caractère scientifique comme Ifremer, Océanide, First (bassin de houle), C.N.E.X.O. (Centre National d'Exploitation des Océans). Les quais de la darse de l'Ifremer sont construits dans les années 1980 sur 300 m de long. Ifremer met en service en 1984 un sous-marin appelé Le Nautile qui permet l'observation et l'intervention jusqu'à une profondeur de 6000 mètres, profondeur qui permet d'explorer 97% des fonds marins. Le Nautile a été construit en coopération avec la DCN de Toulon. Depuis sa mise en service, il a effectué plus de 1500 plongées à partir des navires océanographiques Nadir et Atalante. Il a aussi effectué une dizaine d'interventions sur épaves, notamment quatre opérations sur l'épave du Titanic. D'autres instituts de recherche installés dans les infrastructures de Brégaillon constituent aujourd’hui un grand pôle scientifique et technologique tourné vers la mer, c'est base maritime du Technopôle de la Mer.