Le vallon des Auffes est un port abri pour pêcheurs au moins depuis le 16e siècle. Le vallon était partagé entre les pêcheurs et des maîtres auffiers qui tenaient des ateliers de sparteries. Le vallon doit sa dénomination à une plante, l'alfa (aufo en provençal), herbacée dont la tige sert à fabriquer la vannerie et des cordages. Autour du port des litiges s'élèvent dès 1617 entre les pêcheurs marseillais et des pêcheurs Margaridens qui ont émigré au Vallon. Ces derniers étaient originaires du petit port de Santa Margherita situé au sud de Gènes. Au 19e siècle, le Vallon des Auffes est presque exclusivement habité par des Margaridens et des Génois qui pratiquent la pêche traditionnelle. Avec le prolongement du chemin de la Corniche entre 1858 et 1861 et l'ouverture du viaduc, le Vallon des Auffes devint un site privilégié pour les cabanons. Dès 1890 les constructions se multiplient le long du chemin d'Endoume et autour du port du Vallon des Auffes. Au début du 20e siècle, le chantier naval Toche s'installe rue du Vallon des Auffes, et construit des bateaux traditionnels marseillais. En 1944, le viaduc est dégradé lors de la guerre. Les piliers tiennent mais sont ébranlés et la chaussée est atteinte. La digue est construite en 3 fois sur une vingtaine d'années entre la fin des années 1950 et la fin des années 1970 pour lutter contre le vent du sud et la houle. Dans les années 1960, le glacis est construit pour faciliter le rangement des barques des pêcheurs, remplaçant l'ancien glacis de bois et la roche nue.