Cet orgue d'un grand intérêt est l'oeuvre, en 1777, de l'illustre facteur d'orgues Joseph Isnard pour le Couvent des Minimes de Marseille. Vers 1790, il est transféré à l'église Saint-Ferréol par les Augustins avant d'être vendu à Bonnieux en 1844. En 1842, le 26 décembre, il est décidé de construire une tribune pour l'orgue pour la somme de 400 francs. En 1896, l'ensemble est repris par Keuster puis restauré un an plus tard par François Mader, Arnaud et Cie, facteurs d'orgue à Marseille dont la plaque est fixée à l'arrière. Il est alors agrandi vers l'arrière.

Selon R. Bruni, l'orgue fonctionnait encore vers 1940-1941. Il sert le jour de la venue de Monseigneur Rastouil, évêque de Limoges natif de Bonnieux, le 1er janvier 1939. Il semble avoir été dépouillé de ses tuyaux intérieurs durant les années de guerre.

L'inventaire de 1906 porte mention de l'orgue dans la tribune, sous le n°16 : "Orgues scellées, avec leur soufflerie, huit jeux, un deux-pieds, un quatre-pieds, cinq huit-pieds, un seize-pieds. Bourdon de huit bouché. Pédales accrochées. Un clavier ordinaire. Nous n'avons pu voir la marque. Le tout est scellé à la tribune et fait corps avec elle."

L'inscription sur le phylactère peut se traduire par : "Que la louange donnée à notre Dieu soit décente (ou belle, raffinée)".