Les dispositifs sanitaires liés à l'activité du port de Marseille sont antérieurs à la période moderne. Il sont souvent circonstanciés aux épidémies : désignation d'officiers municipaux, isolement des malades dans un lazaret. De telles mesures sont prise en 1476 lors d'une épidémie de peste à Marseille. En 1526, le Conseil de ville décide la construction d'un lazaret à la porte de l'Ourse, il sera déplacé en 1558 au port Saint-Lambert au sud de la ville (site des vieilles infirmeries), puis au quartier d'Arenc. Dans ce dispositif les îles de Pomègues et Ratonneau tiennent lieu d'entrepôts pour les marchandises contaminées.
Les règlements sanitaires
A partir du 17e siècle ces mesures tendent à devenir permanentes. Le Bureau de la Santé est l'institution municipale qui contrôle et délivre les patentes de santé des navires accédant au port, elle passera progressivement sous le contrôle de l'Intendant, représentant du pouvoir central. Cette politique contribue à la mise en œuvre d'une juridiction sanitaire en faveur de Marseille et Toulon, seules places de commerce à recevoir en quarantaine les navires en provenance du Levant et de Barbarie (arrêts du Parlement de Provence des 10 janvier et 7 mai 1622). Ce monopole sanitaire sera encore renforcé par le monopole commercial avec le Levant accordé par l'édit de port franc de 1669. Le Bureau de la Santé de Marseille exerce sa juridiction sur d'autres bureaux de santé du littoral méditerranéen depuis le Brusc jusqu'à Collioure. Le Bureau de Toulon étendant sa juridiction depuis le Brusc jusqu'au Var.
Les règlementations sanitaire se mettent progressivement en place dans les ports méditerranéens au début du 18e siècle. Elles se renforceront après l'épidémie de peste de 1720-22. A Marseille, le Bureau de la santé est institué à partir de 1640, les intendants de la Santé y délibèrent de l'application de règles sanitaires. Élus annuellement parmi les capitaines de navire expérimentés, ils se réunissent dans un local établi à l'entrée du port, au pied de la tour Saint-Jean. Chaque capitaine dont le navire arrive à Marseille doit venir déclarer sous serment sa provenance et les éventuels incidents survenus durant le voyage. En fonction du risque identifié on lui accorde une patente correspondant aux traitements à appliquer aux marchandises et aux passagers. Dans les îles du Frioul, le port de quarantaine de Pomègues accueille tout bâtiment dont le chargement présente un risque. Enfin, le lazaret d'Arenc assure la purge des marchandises dans des enclos séparés et la désinfection des passagers. En 1683, Louis XIV édicte un règlement sanitaire pour les ports de Toulon et Marseille, sur cette base est mis en œuvre le règlement sanitaire local de 1689.
La Consigne, siège de l'Intendance sanitaire
Un premier Bureau de la santé du port de Marseille était localisé dans la tour Saint-Jean. Il est déplacé en 1660 lors de la construction des remparts. Jusqu'en 1717, le Bureau de la Santé est établi sur un bâtiment flottant, la patache. Un arrêt du Conseil du roi autorise l'intendance sanitaire à faire construire un Bureau de la Santé. Le bâtiment dit de la Consigne sanitaire est construit en 1719 sur les plans de l'ingénieur militaire Mazin. Ce pavillon est le siège de l'Intendance sanitaire de Marseille, chargée des contrôles sanitaires visant chaque navire. Le contrôle de l'intendance n'empêchera pas la propagation en 1720 de la peste à partir de la cargaison du Grand Saint-Antoine.
La Convention confirme en 1793 les attributions des conservateurs de la Santé de Marseille. La réforme de 1805 (décret du 6 thermidor an XIII) transfère la désignation des membres du bureau sanitaire au gouvernement. Le bâtiment de la consigne sanitaire est agrandi en 1804 puis en 1827. Un second pavillon est construit en symétrie en 1862. Mais sur le plan administratif, la nomination des intendants de la Santé relève à partir de 1822 du ministre de l'Intérieur. L'intendance sanitaire est supprimée par décret du 24 juillet 1850. Ses attributions sont transférées à un directeur de la Santé assisté d'une commission sanitaire présidée par le préfet.
Le service sanitaire maritime
L'Intendance sanitaire réunie jusqu'au 19e siècle des fonctions distinctes sur différents sites : La Consigne à l'entrée du port, le Lazaret au quartier d'Arenc, enfin au Frioul, le port de quarantaine de Pomègues. Ce dispositif sera complété par la création du Port Dieudonné au Frioul (1822-25) et le complexe de l'hôpital Caroline à partir de 1826. A partir de 1850 le Lazaret est transféré au Frioul, cet ensemble est complété en 1857 par la construction d'une infirmerie à Pomègues.
En 1923, le service sanitaire maritime de Marseille, placé sous l'autorité du directeur de la santé, regroupe trois consignes sanitaires et un lazaret, implanté à l'hôpital Caroline (référence IA13005963) sur l'île du Frioul. Ce dernier fermera en 1933.
Le bâtiment de la consigne sanitaire appartient à l'établissement public du Grand Port Maritime de Marseille. Son extension est accueille la brigade des garde-côtes de Marseille (services des douanes) et le bureau de port de la communauté urbaine Marseille-Provence-Métropole.
Jean Antoine Mazin de Valensole (1679-1740), ingénieur de la marine. Il étudie l’architecture à Marseille et se constitue une clientèle dans l’état-major du Génie. Il donne en 1716 un projet d'agrandissement de l'arsenal de Marseille. En 1719, il est chargé par le Régent de définir les plans types des casernes de logement de troupes. En 1723, Mazin construit le modèle d’une fortification pour l'éducation de Louis XV. Il assure à partir de 1711 les fonctions de garde des plans des Maisons royales et des fortifications de France.