Du Moyen Age jusqu'à la prise d'Alger en 1830, Port-Cros est, comme les autres îles, soumise à la menace des pirates barbaresques et autres pillards. C'est pour protéger les populations qu'est édifié le fort du Moulin, attribué à François Ier. Les forts de l'Estissac, de l'Eminence et de Port-Man ont été construits entre 1634 et 1643, participant à la volonté de Richelieu de protéger les abords de Toulon en assurant la promotion stratégique de la rade et des îles d'Hyères. Les îles ont donc toujours connu une vocation militaire qui en fait, au 19e siècle, de véritables îles casernes. A Port-Cros, le hameau militaire (port actuel) est pratiquement la seule zone peuplée de l'île qui assure également une fonction de lazaret. Quinze milles soldats de l'infanterie coloniale peuvent être accueillis dans un camp de toile pour y passer les six jours d'isolement réglementaires. En 1810, une loi fait obligation d'installer les activités les plus polluantes à l'écart des villes. C'est le cas de la fabrication de la soude qui provoque des émanations de gaz chlorhydrique très toxiques. Port-Cros (avec Porquerolles) fait les frais d'un tel établissement de 1817 aux environ de 1830. L'usine est installée par un industriel marseillais qui trouve sur place la matière première (sel) , le combustible (bois) et des facilités d'acheminement direct par bateaux vers le savonneries de Marseille. Elle a laissé des traces visibles dans le paysage à Port-Man. Vers 1870, le comte de Noblet, propriétaire de l'île et agronome, décide la création de fermes. Compte tenu des difficultés d'approvisionnement en eau nécessitant des aménagements (aqueducs, retenues, canalisations) , cette mise en valeur ne connaît pas grands succès. Seules les plaines côtières du Manoir et de la Palu sont durablement cultivées, le propriétaire suivant, le marquis de Costa Beauregard, préférant louer ses terres pour la chasse. C'est avec le tourisme, à partir des années 1920, que l'île connaît son véritable développement. Toutefois, il reste, compte tenu des difficultés d'accès, le fait d'une clientèle fortunée ou intellectuelle. Ainsi Jean Paulhan, dans les années 1930, y travaille pendant les mois d'été au fort de la Vigie qui devient une annexe de la N. R. F. A partir de 1921 l'Hostellerie Provençale ouverte toute l'année propose ses 25 chambres, son tennis et son croquet. L'île de Port-Cros est constituée en Parc national depuis 1963.