La passe au sud de l'Ile de Martigues existe au moins depuis le 17e siècle puisqu'une carte de Tassin de 1633 indique que le canal est déjà aménagé avec un pont. Auparavant le canal s'appelait Bordigue du Roi ou Canal du Roi ou encore canal du Pontet. Le nom actuel du canal vient de Louis-François de Galliffet qui fût Prince de Martigues en 1771 après avoir acheté la principauté. Le canal sera réaménagé par des quais et ponts au fil du temps. Au début du 20e siècle les rives du canal ne sont encore que des berges en terre. Les premiers travaux datent de 1919 à 1936 avec le projet de Traversée de Martigues. Puis le chantier de 1962 a hauteur de l'Ile et des canaux modifie profondément la morphologie de la zone et donne au canal son aspect actuel. Ce canal sert au passage des bateaux (voiliers ou navires industriels allant à la Mède ou au port de la Pointe) pour accéder à l'étang de Berre. Le passage répété des navires de grande taille et les vagues induites endommagent régulièrement les quais (quai des Anglais et quai Alsace Lorraine) qui font souvent l'objet de travaux de réfection (1954, 1969). Le passage des bateaux à tirant d'eau important nécessite des dragages réguliers. En 1929 est inauguré le pont tournant de Jonquières qui sera remplacé en 1962 par le pont levant actuel.