Le deuxième bassin Vauban est construit dans la darse Vauban selon des procédés différents du bassin n° 1. Un bétonnage en eau est réalisé sur une souille creusée de 11 mètres de fond. L'enceinte de 3 côtés est composée de pilots jointifs et mesure 85 x 30 m. La souille est compactée par pilotage (1 m x 1 m). Le radier est bétonné en 3 couches de 1 m. Le béton est constitué de 5 parties pierres et 2 parties mortier (1/3 de chaux, 4/9 de pouzzolane, 2/9 sable). Un noyau de charpente est réalisé pour le coffrage de 82 x 24 m à 8 sections, sur 11 m de haut, il comprend des arcs de cercle. Le batardeau en entrée est constitué d'un panneau en charpente de 30 x 8 m. Le bétonnage des bajoyers est ensuite effectué puis le béton est laissé à sécher pendant un an. Le noyau est alors découpé par une machine à scie sous l'eau. Un revêtement en maçonnerie est mis en œuvre pour palier aux problèmes d'infiltration. Le bassin n°2 mesure 74 mètres de long et le seuil sous haute mer est à 6,5 m. Le bassin est large de 15 m au niveau du radier et de 23 m au niveau du couronnement.