D'une longueur d'environ 500 m, le canal Saint Sébastien se situe en plein coeœur de l'île de Martigues, il est traversé par trois ponts. Le pont ouest sert aux véhicules, le pont au centre du canal est piéton, c'est un pont bleu à double pentes, et le pont est, le pont Saint Sébastien, est dédié aux véhicules en partie centrale et aux piétons sur la passerelle en bois, les balustrades bleues de ce pont sont toujours fleuries et offrent une vue imprenable à l'est sur le quai Brescon dit le miroir aux oiseaux. Au nord du canal se trouvent les quais Poterne et Marceau, et au sud le quai Aristide Briand. A l'est de ce dernier, un double escalier en pierre et béton permet l'embarquement des passagers. Le canal abrite environ 250 bateaux de faible tirant d'eau, essentiellement des petits bateaux de pêcheurs et barques marseillaises traditionnelles appelées pointus. Les embarcations sont amarrées directement à quai. La rive nord du canal est composée de maisons typiquement provençales.