Le premier aménagement portuaire est la jetée sud construite en 1822. Une contre-jetée la complète vers l'embouchure de la Garonne. Plus tard, un feu fixe est implanté sur le musoir de la jetée, porté par une tourelle métallique. En 1842, trois cents navires sont au mouillage dans la baie. Le développement régulier des quais (les travaux se succèdent en 1879, 1894,1917) traduisent le développement du commerce maritime : huile et bois de pins pour la construction et le chauffage des fours. L'’exportation de pavés du Dramont, de sable, de la bauxite ainsi que l'’importation de liège, de houille et de charbon, favorisent l’'essor commercial du port.

Le port de Saint-Raphaël est aussi un port de pêche, sa flotte de pointus est tirée sur le sable au fond du port. Barques et pointus à voiles latines sont utilisés pour la pêche, alors que bricks et tartanes assurent la navigation côtière. Dans la seconde moitié du 19e siècle, trois-mâts et longs courriers à vapeur ouvrent la voie du trafic international.

Durant la Seconde Guerre mondiale, la jetée sud est partiellement détruite. Après-guerre, l'’activité du port se tourne vers la plaisance et le transport de passagers, notamment les excursions.

En 1959, deux appontements sont construits dans le bassin portuaire. Entre 1976 et 1977 des travaux d'élargissement de la jetée sud développent un vaste terre-plein. Des projets sont à l'étude pour prolonger la grande digue, dite jetée du large, afin de sécuriser le bassin. Le creusement du môle nord dit darse Kennedy, est destiné à favoriser l'accueil des grandes unités. Les aménagements de l'ancien môle sud prévoient un comptoir de la pêche et des commerces. La grande jetée accueille les bâtiments de la nouvelle capitainerie et de la gendarmerie maritime. Un jardin paysager, le square Bonaparte, est aménagé au dessus du môle sud.