La baie de Bandol offre un abri naturel pour la navigation de pêche, de guerre et de commerce. Un premier projet de construction de port date de 1791. Le premier aménagement du port est réalisé en 1804 avec la construction d'un môle pour les pêcheurs. Cet ouvrage de 9 m de long se situe à l'est du port actuel.

La construction de la grande jetée sud, demandée depuis 1754 par les marins, est commencée en 1846. L'’entrepreneur interrompt les travaux en 1850 alors que la jetée n'est pas encore raccordée à la terre ferme. Pour ce chantier, les blocs de rochers sont extraits d’une carrière située sur l’'île de Bendor. Ils sont transportés par chaland puis par un chemin de fer sur pilotis. En 1847, le quai de la consigne, où se règlent les droits de douane, est construit au nord du port sur une longueur de 25 m. Le chantier de raccordement de la jetée à la terre ferme s'étend de 1857 à 1858. Pour ce chantier les pierres arrivent de la carrière de la route de Saint-Cyr.

Vers 1860 un chantier naval est établi dans le port pour construire des tartanes et des mourres de pouar (bateaux de commerce et de pêche). L'extrémité de la jetée est équipée d'un feu de signalisation d'entrée de port en 1866. Le quai de la consigne est prolongé de 40 m, entre 1866 et 1870. Les quais ouest sont construits sur 60 m de long en 1877, ainsi que la cale de halage de 50 m de long sur 20 m de large, à proximité du local de la prud'homie de pêche. A partir du 1875 le commerce du vin est affaibli par l'épidémie de phylloxéra, le port se tournent de nouveau vers la pêche. Les pêcheurs utilisent le quai de la consigne et la promenade des palmiers pour étendre leurs filets. En 1930 le port de Bandol est doté d'une grande jetée et de quais mais son grand bassin est peu utilisé.

Au 20e siècle, le tourisme permet le développement des activités balnéaires et de plaisance. La contre-jetée est, demandée en 1893 par le maire est construite entre 1938 et 1940. Entre 1956 et 1957, les quais du port sont alignés, une partie de la bordure nord du port est comblée pour élargir les quais et la route. Deux premiers appontements sont construits en 1963, ainsi que le terre-plein au sud du port aujourd'hui aménagé en stade. Le terre-plein au nord de la jetée nord-est, actuelle aire de carénage, est aménagé en 1965. En 1973, cinq autres appontements sont installés. En 1976 l'appontement central avec ses appontements secondaires perpendiculaires est mis en place et le musoir de la jetée sud est allongé. La capitainerie est construite en 1981. En 1985 la cale de halage associée à la prud'homie est comblée, seuls les bornes de halage en pierre sont conservés. En 1998 le dernier appontement arborescent flottant est aménagé au nord du bassin à la place du premier appontement de 1963.