Avant la construction du port Saint-Louis-du-Mourillon, l'anse des Vignettes constitue un point d'accostage qui fragilise la défense de la grande rade. Le fort Saint-Louis, destiné à contrôler l'anse, est édifié en 1692, il sera désarmé en 1882. Les pêcheurs ancrent leurs embarcations à l'est du fort, dans la baie abritée correspondant à l'actuelle plage du Lido. En 1891, la prud'homie du Mourillon comptait selon l'inscription maritime 25 bateaux armés pour la pêche, 60 marins et environ 160 bateaux de plaisance. Dans une pétition adressée au ministre en 1891, les patrons pêcheurs et les plaisanciers demandent la construction d'un port refuge au Mourillon. Deux options sont envisagées : implantation à l'est et à l'ouest du fort Saint-Louis. La solution à l'ouest, dans l'anse des Vignettes, est retenue. Un raz-de-marée atteint l'anse en 1892 incite à construire le port abri. Le projet est adopté en 1893, les travaux commencent en 1897 pour s’achever en 1899. La jetée de 125 mètres de long doublée d'un quai est achevée en 1899, date portée sur une pierre gravée scellée à son extrémité. Cette jetée est rattachée au terre-plein du fort par un pont-levant restauré en 2004. Le plan d'eau est protégé du vent d'est mais mal protégées des vagues soulevées dans la rade par le mistral. En 1931, à l'initiative du général Gelin, la protection du port est complétée par une deuxième jetée à l'ouest. En 1937, le conseil municipal vote la construction d'un quai avec boucles d'amarrage, d'un terre-plein partant de la jetée ouest et d'un appontement devant le siège de l'union maritime des pêcheurs. Des enrochements sont immergés à l'extérieur de la jetée et de la passerelle afin de briser les coups de mer et de protéger la cale de halage située devant l'entrée du fort. Le terre-plein du fort a longtemps abrité des barques tirées au sec avant de devenir une aire de stationnement.