La calanque de Méjean est habitée depuis l'Antiquité mais elle est surtout connue depuis le 17e siècle pour être un port abri, probablement plus du côté du Grand Méjean. Sur une ancienne carte d'Henri Michelot (1694), à l’emplacement de la calanque, on peut lire « port dans lequel on peut mettre 5 ou 6 galères », ce sont les galères du roi Louis XIV. La calanque du petit Méjean n'est aménagée qu'à partir du 20e siècle. Le littoral à cette époque est encore peu habité, seuls un restaurant et quelques cabanons de pêcheurs sont implantés. Les premiers aménagements du port du petit Méjean datent d'après la seconde guerre mondiale, vers 1950. Entre 1964 et 1967 les digues de protection du petit port sont construites.