La calanque de Méjean est signalée depuis le 17e siècle comme port abri. Sur la carte d'Henri Michelot de la fin du fin 17e siècle, elle est désignée comme un "port dans lequel on peut mettre 5 ou 6 galères". La calanque est aménagée à partir du 19e siècle. En 1820, d'après le cadastre napoléonien, on trouve dans la calanque un bâtiment des Douanes et une dizaine de maisons. Entre 1899 et 1901, des travaux sont entrepris pour aménager un petit port. Le littoral est encore peu habité, seuls des pêcheurs disposent d'un cabanon dans la calanque. En 1912, la vigie dite de l'Anglais est édifiée sur les hauteurs de Méjean, elle permet de surveiller l'approche maritime de Marseille. L'ouverture de la voie de chemin-de-fer en 1915 entre Port-de-Bouc et Marseille permet de désenclaver cette partie du littoral. Le port fait l'objet de travaux d'aménagement entre 1956 et 1958 mais les principaux travaux sont la construction des digues de protection du port sont entrepris entre 1964 et 1967.