La calanque est un abri naturel pour les navires mentionné par l’itinéraire maritime de l’Empereur Antonin (2e siècle après J.C.) désigné comme Portum Mines .Les sources anciennes la désigne comme Port Mil (vers 1311) puis Pourroumiou (1571) ou encore Port Mieu. Le cadastre napoléonnien en 1810 retient Port-Miou. Au 17e siècle, Port-Miou est en plein essor car le port de Cassis (référence IA13005894) est souvent impraticable (comblement, môle détruit etc.) et Marseille ne laisse entrer ni raisin, ni vin naturel. Le commerce se fait alors dans le port naturel de la calanque de Port-Miou. En 1621 Port-Miou est considéré comme d'un grand intérêt pour le commerce, abriter des bateaux mais aussi pour la pêche. Une madrague (engin de pêche au thon de grande dimensions) est installée dans la calanque au 17e siècle (vers 1630-1660). En 1720 les carrières en bord de mer se développent, avec notamment l'ouverture de la carrière Solvay et la construction de ses trémies (référence IA13005896) de chargement de pierre calcaire vers 1850. En 1839 des travaux de quai sont effectués à Port-Miou pour faciliter l'amarrage de quelques navires. La calanque de port-Miou accueille des bateaux de plaisance toujours plus nombreux, surtout à partir de 1960, date où les aménagements sont réalisés.