La loi du 5 août 1844 ordonne la construction du bassin de la Joliette, au nord du Vieux-Port. Le chantier des ingénieurs Toussaint et de Montluisant. Le bassin devait à l'origine être la seule extension du port de Marseille, le bassin fut d'ailleurs baptisé dans un premier temps port auxiliaire. Les infrastructures de la Joliette sont utilisées dès 1847. Le bassin de la joliette en tant que port auxiliaire est achevé en 1853. Les môles Lazaret et Arenc sont construits entre 1856 et 1864. Dans le deuxième quart du 20e siècle, des hangars sont construits sur les môles. Mais entre 1932 et 1941 le bassin de la Joliette est remanié avec la création de la gare maritime et la reconstruction des 3 môles selon une disposition oblique, plus adaptée à la taille des navires et aux besoins de la réparation navale. Les hangars J0, J1, J2, J3 et J4 sont construits entre 1932 et 1953. Au début des années 1950 les môles obliques sont réunis par un terre-plein. Le hangar quai du Maroc est construit entre 1953 et 1955. Le bassin du Lazaret et le premier bassin d'Arenc sont remaniés entre 1956 et 1959 et intégrés au bassin de la Grande Joliette. Au début des années 1960 le bâtiment pour la direction du port est construit sur le quai de la Joliette et les services administratifs y sont regroupés dès 1962. Dans le cadre de la transition entre le port et la ville, le GPMM (Grand Port Maritime de Marseille) a récemment cédé des terrains pour le développement économique de la ville. Les darses de part et d'autre du môle J3 sont remblayées pour créer de nouveaux terre-pleins. Le hangar J1 et le Silo d'Arenc (référence IA13000878) sont reconvertis en lieux culturels entre 2010 et 2013, et un centre commercial a ouvert en 2014 au niveau du J0.