La vigie Sainte-Marie est implantée à l'extrémité sud de la digue du large (référence IA13000879), au point ou la digue principale est prolongée perpendiculairement par la digue Sainte-Marie. La vigie est dans le voisinage immédiat du phare Sainte-Marie (référence IA13000768) et du feu de signalisation d'entrée de port rouge pour l'accès au Vieux-Port (référence IA13005951) et aux bassins est du Grand Port Maritime de Marseille (GPMM) (référence IA13005890). Ce bâtiment blanc en béton sur 2 étages est de plan rectangulaire avec des ouvertures en arcade. Le bâtiment est surmonté dans l'angle est d'un étage supplémentaire pour la salle d'observation. Celle-ci est circulaire est en grande partie vitrée pour avoir un large champ de vision lors de l'entrée des paquebots dans la passe sud dite passe Sainte Marie.