Au 17e siècle, un lazaret -lieu de quarantaine pour les passagers et les marchandises des navires- est établi dans l'anse des Sablettes. Il est utilisé jusqu'en 1895. La géomorphologie de l'isthme des Sablettes varie depuis le milieu du 17e siècle, date où le lido entre La Seyne et Saint-Mandrier est créé. Durant le 18e et surtout le 19e siècle, la plage s'élargit grâce aux phénomènes naturels et aux remblais. Les berges varient au grès des aménagements. Au 19e et 20e siècles, le long du rivage de cette anse protégée plusieurs appontements sont construits pour les pêcheurs. La grande jetée construite en 1880 permet de protéger la baie du Lazaret. En 1887 Michel Pacha fait creuser un chenal entre les Tamaris et le Manteau pour créer une liaison maritime entre Toulon et le débarcadère des Sablettes. Ce débarcadère est transformé en port abri à la fin du 19e siècle pour faciliter l'embarquement. Ce port abri à l'ouest des Sablettes est détruit vers 1970 au profit du port du Lazaret. Entre 1965 et 1969 la face nord des Sablettes est largement remblayée. Le terre-plein construit sert à l'enracinement de la première digue du port du Lazaret en 1972. Les autres remblais auront lieu entre 1972 et 1976 pour donner au port du Lazaret la morphologie actuelle. Ce projet de port marina et ses remblais entrainent à l'époque une forte contestation de la part des riverains, pêcheurs et aquaculteurs. La zone aquacole et le quartier des pêcheurs à l'ouest du port sont aménagés depuis la fin des années 1970. La structure du port a peu évolué depuis mais des projets d'aménagements sont à l'étude depuis les années 2010.