Le port de la Madrague doit son nom à une madrague (engin de pêche aux thons) installée à proximité, vers la pointe Granière, et qui fonctionna jusqu'en 1840. La première digue du port de la Madrague est construite vers 1930 sur demande de M. Arnaud, propriétaire du terrain littoral au lieu dit les embruns. La digue est construite à titre privé, en contre-bas de la maison de la tour, au sud du port abri équipé d'estacades en planches sur pilotis en acier. Des viviers sont également construits contre la digue, côté mer, et restent en usage jusque vers 1950. En 1953 la digue sud est construite, indépendamment de la première digue, et la digue nord est construite pour protéger le port de la Madrague des vents de nord-ouest. Le petit port privé de la propriété de la tour est d'abord exclu du port de la Madrague jusqu'en 1964, date à laquelle la jetée sud est réaménagée pour inclure le petit port privé à l'intérieur du bassin portuaire de la Madrague. Les musoirs des jetées sont renforcés en 1978, la jetée sud est allongée de 50 m et le terre-plein est est aménagé. Le port est très fréquenté à partir des années 1970, les bateaux sont au mouillage libre dans le port. Le premier appontement est installé en 1975, un second en 1979, un troisième en 1982, un quatrième en 1985, un cinquième en 1988. Le quai est aménagé avec la construction de la capitainerie en 1987 et la mise en service d'une grue pour le carénage. Un cinquième appontement est mis en place dans les années 2000. Cet ancien port de pêche traditionnel est largement reconverti à la plaisance.