Au milieu du 19e siècle, avant de devenir le port de la Capte, ce site était caractérisé par le canal du gras qui permettait l'alimentation en eau de mer des salins des Pesquiers. Afin de contrôler la pénétration des hautes eaux dans les salins ce canal fut aménagé avec des martelières encore visibles aujourd'hui. Ce canal permettait le transport de la production de sel par voie maritime. Le gras était séparé en deux parties par une digue, l'une remontait jusqu'à l'exploitation des salins et jusqu'au hameau des Pesquiers (cité ouvrière du salin des Pesquiers), l'autre passait dans un hangar qui permettait le stockage des barges de sel prêtes à être expédiées par la mer. Le chargement des bateaux qui se faisait avant à l'aide de barges migre vers un système de wagonnet grâce à la construction d'un appontement. L'activité des salins des Pesquiers diminue peu à peu ; ils ont actuellement une vocation pédagogique et ornithologique. Au début du 20e siècle le canal du gras devient un abri pour les barques. Le port abri de la Capte est construit entre 1931 et 1937. Des travaux d'agrandissement sont réalisés par la suite. En 2010, la capitainerie du port de la Capte (établissement portuaire) est rénovée. La digue prolongeant le terre pleins végétalisé qui sépare le canal du Gras en deux est détruite en 2014.