Dès 1838, les habitants de Saint-Clément attirent l'attention de la reine sur la nécessité d'agrandir l'église paroissiale (lettre à la reine).

En 1845 le conseil municipal souligne que l'église doit être agrandie, la voûte en bois remplacée par une voûte en maçonnerie, la sacristie changée d'emplacement, et la couverture refaite (AD. 05 : 2 0 7328). Le premier projet du conducteur des Ponts-et-Chaussées Seney, daté du 8 mai 1845 prévoit : « Les travaux à faire ... sont la voûte de la nef, l'agrandissement du chœur et une nouvelle sacristie. La chaleur et le froid pénétrant dans l'église à travers la toiture et la voûte en bois de la nef en rendent le séjour presque insupportable pendant l'été et l'hiver. Le chœur étant trop petit pour contenir les hommes, il devient nécessaire de l'agrandir attendu que la nef et la tribune qui est au bas sont réservées pour les femmes. La sacristie se trouvant prise par cet agrandissement, on en établit une nouvelle attenante au chœur dans une partie rocheuse du cimetière » (Ibid.). L'église de Saint-Clément étant trop petite, le premier projet prévoyait «l'agrandissement du chœur, d'après lequel la balustrade [... ] appelée la table de communion aurait été transportée au-dessus des deux chapelles latérales, et la partie au-dessous livrée aux femmes. Dans ce projet, la tribune située au bas de l'église et la portion de la toiture au-dessus du chœur devaient être conservées. Ces deux parties sont aujourd'hui aussi mauvaises que le reste, et il y a urgence de les refaire ainsi que le plancher sol qui tombe de vétusté ». C'est pourquoi en 1849, Seney propose un second projet qui envisage le prolongement de l'église.

Projet pour l'agrandissement et la réparation de l'église de Saint-Clément, coupes, plan, dressé le 25 juin 1849, éch. 0,01.

Un troisième projet est présenté par l'architecte du département Goulain en 1851 et approuvé par la commission des édifices communaux le 18 janvier 1853 (AD. 05 : 2 0 7328, devis descriptif et estimatif). En 1852, l'architecte justifie son projet de reconstruire l'église dans un sens différent par la question du coût. En effet, réédifier l'édifice dans le même sens aurait coûté deux fois plus cher à la commune. Il reconnaît cependant que la nouvelle église sera sombre (Ibid.).

En 1854, alors que le projet de Goulain a été adopté par l'enquête de commodo et incommodo et par le conseil municipal, les habitants réclament au préfet le changement de projet (AD. 05 : 207328, lettre du 18 avril). Ils préfèrent en effet, que l'église soit reconstruite dans le même sens que l'ancienne, pour éviter: « 1° d'empiéter de moitié sur le cimetière et ainsi d'avoir à faire des fouilles dans une zone de sépultures récentes; 2° de supprimer le chemin vicinal; 3° d'enterrer l'église dans un remblai profond qui la rendrait humide; 4° d'éviter de détruire l'ancien clocher alors que le nouveau vient juste d'être commencé ». Cette requête sera cependant rejetée.

Les travaux concernant la maçonnerie et la charpente prévus en 1853 sont en partie réalisés en 1856, seule la charpente et la couverture ne sont pas achevées : « Les murs, le toit, la voûte de la sacristie sont terminés. La voûte de la nef de la dite église la moitié et clause (sic), le maître maçon m'a assuré que du 22 ou au plus 24 courant la voûte sera entièrement terminée » (AD. 05 : 2 0 7328, lettres du 4 mai et du 27 juillet).

Le 28 janvier de la même année, l'architecte s'était déjà plaint auprès du préfet de ce que depuis deux hivers consécutifs, les travaux n'avaient pas avancé et que « le toit n'est même pas encore fait; bien plus pour placer la charpente on a du découvrir une partie du toit de la chapelle voisine et faute de soin, cette chapelle est exposée à toutes les intempéries et se trouve menacée. Au dire de l'architecte, cette situation est dû à Eymony qui soustraite les travaux (Ibid). La réception définitive des travaux a lieu le 22 décembre 1873 (AD. 05 : V 193).