L'autel et le retable en pierre du choeur sont commandé au sculpteur Claude Furet le 20 mai 1601, pour la somme de 85 écus. En 1605, un nouveau prix-fait de 40 écus estt conclu entre l'évêque de Cavaillon et Claude Furet pour leur achèvement, ainsi que la réfection de la toiture de la cathédrale. Il s'agit d'ailleurs davantage de réaliser un décor complet pour le choeur qu'un simple retable. Des éléments d'architecture préexistants (vraisemblablement romans) sont intégrés au décor, tels les colonnes, que le sculpteur doit blanchir et canneler. D'autres colonnes sont tronquées. Il faut aussi prolonger la corniche "à la moderne" et soutenir l'architrave par des cartouches ou des consoles posés au-dessus des chapiteaux des colonnes ; des "chérubins" agrémentent l'ensemble. Deux cadres sculptés en pierre de Velleron, placés de part et d'autre des fenêtres qui encadrent le retable, sont destinés à recevoir des peintures représentant les miracles de saint Véran. Des cadres identiques sont également disposés entre les fenêtres et le retable. Une grande fenêtre doit être percée juste au-dessus du retable. C'est pour réaliser ce décor en pierre que l'on enlève les stalles du fond du choeur et que l'on déplace le fauteuil épiscopal (voir notice IM84001189). Les travaux sont bien avancés le 13 août 1606, puisque la messe est célébrée sur l'autel neuf. Les paiements pour les travaux continuent jusqu'en 1608 et, le 28 mars 1609, l'architecte Etienne Martellange dresse un rapport d'expertise sur ceux restant à achever ; l'esquisse du retable est jointe à ce rapport. Les sculptures, dont deux statues, sont payées à Claude Furet en 1609. Le peintre Raphaël Le François reçoit en mai 1614 la somme de 21 écus et demi pour le retable du grand autel. Des tableaux du même peintre sont installés dans le choeur en 1618, mais nous ignorons s'ils faisaient partie du retable (voir sommaire objets mobiliers, notice IM84001117). Ce retable fut détruit en décembre 1642 par l'effondrement du cul-de-four, affaibli par le percement d'ouvertures.