La baie de Sanary est un abri naturel pour les marins. Vers le 16e siècle un premier quai est construit à proximité du débarcadère proche de la tour de Sanary (référence IA83001959).

Le port est plus fréquenté au cours 17e siècle mais sa faible profondeur l'’empêche de se développer. Vers 1667, dans un rapport adressé à Colbert, le port accueille 62 navires de commerce et les armées navales du Roi y font fréquemment escale. A la fin du 17e siècle (vers 1680) le port est désenvasé ce qui favorise le commerce et le transport maritime. En 1712 le débarcadère en pierre proche de la tour est agrandi de 5,5 m pour permettre notamment aux navires transportant du blé et du vin d'accoster. Le port de Sanary s'affirme comme port de commerce et port de guerre.

En 1846 des travaux d'enrochements sont conduits au niveau du grand môle. Après 1860 les activités maritimes déclinent suite à l'arrivée du train et au développement d'autres ports de la région. En 1867, Marius Michel Pacha créé les régates de Saint-Nazaire pour développer les activités nautiques et la plaisance. A la fin du 19e siècle, à l'initiative du maire Marius Michel-Pacha, des travaux d'envergure sont conduits pour aligner et élargir les quais et installer le phare de la jetée ouest.

Au début du 20e siècle le port dispose d'aménagements rudimentaires comme la jetée est et la jetée ouest dite jetée du phare ainsi que le môle de 27 m de long au pied de la tour carrée. Vers 1953, la cale est est supprimée et substituée par un quai. Le petit môle prolongé en 1962 par le premier appontement du port. En 1967, quatre appontements sont installés perpendiculairement à la jetée est, côté quai du Levant. En 1973, ils sont réaménagés pour installer cinq appontements de ce côté du bassin. La panne du petit môle est agrandie d'environ 70 m et trois appontement sont installés quai Marie-Esménard à l'ouest du bassin. Le musoir de la jetée est réaménagé avec la construction d'un épi en enrochement pour protéger le bassin des coups de labech.