Un premier hôtel de la marine est construit en 1787 sur la place d'armes pour loger le commandant de la marine. La fonction de préfet maritime est créée en 1800. Le premier préfet maritime s'’installe dans l'’hôtel de la Marine. Les préfectures maritimes sont supprimées par ordonnance royale en 1815 puis rétablies en 1826. Le bâtiment de la place d'Armes a été détruit lors des bombardements de 1944. Après guerre, la préfecture s'’installe au Grand Hôtel, place de la Liberté, réquisitionné par la Marine. L'’édifice actuel est construit en 1956 par l’'architecte Noël Lemaresquier. La préfecture maritime y siège depuis le 1er janvier 1960.