Port-Auguier se situe tout au sud de la presqu’île de Giens, à l’ouest de la Tour Fondue et de la Pointe de Terre-Rouge. Le site est un espace abrité entre la côte et une série d’îlots rocheux sur lequel s’adossent le port. L'enceinte portuaire est composée de digues en enrochement qui relient ces écueils rocheux. Les faces internes des trois digues sont bétonnées et forment les quais où sont amarrés les embarcations. Le bassin portuaire de forme trapézoïde a une surface d’environ 6500 m². Un appontement central d'une cinquantaine de mètres permet l'amarrage de bateaux supplémentaires. La capacité du port est d'environ 90 places. Le bâtiment de la capitainerie adopte une maçonnerie de moellons polygonales.