En 1551, Henri IV édicte la première ordonnance royale sur la navigation et le pilotage, obligeant les navires "à payer un pilote en tous lieux où la nécessité et l'usage le commandent". Napoléon organise la profession en créant un examen de pilote lamaneur en 1806 comprenant une première promotion de douze pilotes à Marseille.

Le poste de pilotage s'installe au Frioul dans les années 1920. Dans un premier temps les pilotes occupent une partie des logements des fonctionnaires du Service de la Santé, notamment le pavillon Hoche. La maison des pilotes est construite en 1947 pour accueillir en permanence une dizaine de pilotes. Ils ont pour mission de conduire les navires entrant et sortant du port de Marseille. L'équipe est aujourd'hui réduite à trois pilotes qui alternent semaine de service et de repos.