Le port de Pertuis pénètre dans les terres de Saint-Chamas et borde une spectaculaire falaise creusée d’habitats troglodytes (le Baou). Le bassin portuaire, de plan rectangulaire (2300 m²), est accessible par une passe de 90 m de long bordée de quai en béton bordé de bois. Les quais sont couronnés de pierre de taille. Le port est équipé d'une aire de carénage avec grue de levage, de potences manuelles, deux cales de mise à l'eau et station d’avitaillement. Le port du Pertuis est un des hauts lieux de la pêche à l’anguille sur l’Etang, activité qui concerne 15 bateaux de pêche. Le petit port accueille également quelques plaisanciers.